Окислителями, кроме кислорода и углекислого газа воздуха, могут быть водные растворы. Особенно активно окисление магнетита рудного тела идет в той его части, которая в большей мере подвержена воздействию воздуха и воды (обычно это участки рудного тела, располагающиеся ближе к поверхности земли). Чистый магнетит содержит 31% кислоты. В зоне окисления магнетита рудного тела образуется гематит, т. е. содержание в продукте окисления постепенно уменьшается. В сильно окисленных мармитах под микроскопом с трудом можно обнаружить среди вторичного гематита остатки магнетитового вещества, не подвергшегося окислению. Мартитовые руды содержат обычно значительно меньше серы, чем коренная магнетитовая руда. Обратный процесс — восстановление гематита углеродистыми веществами до магнетита — в природе наблюдается значительно реже. Магнетит кристаллизуется из магмы часто вместе с ильменитом. Последний может кристаллизоваться рядом с магнетитом в виде крупных зерен или тонких в зернах магнетита. При обогащении таких руд стараются магнетит отделить от ильменита, т. е. получить титансодержащий концентрат. Атомы титана, магния, марганца, никеля, цинка могут замещать в кристаллической (обратной шпинельной) решетке магнетита позиции двухвалентного железа, образуя соответственно. Особую разновидность магнетитовых месторождений представляют так называемые россыпи, или магнетитовые пески, образующиеся при выветривании первичных магматических магнетитовых месторождений на берегу океана. Образующиеся под действием ветра, воды, смены температур и многих других причин мелкие продукты разрушения рудного тела уносятся затем морской волной. При этом легкая пустая порода руды уносится водой значительно дальше в море, чем в 2 раза более тяжелый магнетит. Песок многих островов Тихого океана, побережья Черного моря от Новороссийска до турецкой границы содержит большое количество зерен магнетита.